执行处是廉政公署最大的部门，由执行处首长领导，辖下设有两个主要部门，分别负责调查公营及私营机构的贪污及相关罪行。执行处首长同时兼任副廉政专员，并直接向廉政专员负责。
执行处经常向审查贪污举报谘询委员会汇报部门工作及谘询意见。
