執行處是廉政公署最大的部門，由執行處首長領導，轄下設有兩個主要部門，分別負責調查公營及私營機構的貪污及相關罪行。執行處首長同時兼任副廉政專員，並直接向廉政專員負責。
執行處經常向審查貪污舉報諮詢委員會匯報部門工作及諮詢意見。
