執行處是廉政公署最大的部門，由執行處首長領導，轄下設有兩個主要部門，分別負責調查公營及私營機構的貪污及相關罪行。執行處首長同時兼任副廉政專員，並直接向廉政專員負責。
執行處經常向審查貪污舉報諮詢委員會匯報部門工作及諮詢意見。
架構圖
執行處﹙副廉政專員 / 執行處首長﹚
執行處處長﹙政府部門﹚
- 調查科﹙一﹚﹙助理處長﹚
- 調查組
- 政府部門
- 公共機構
- 選舉
- 調查組
- 調查科﹙三﹚﹙助理處長﹚
- 支援組
- 情報
- 線人處理及卧底行動
- 證人保護及槍械
- 跟蹤及技術支援
- 支援組
執行處處長﹙私營機構﹚
- 調查科﹙二﹚﹙助理處長﹚
- 調查組
- 私營機構
- 快速反應隊
- 調查組
- 調查科﹙四﹚﹙助理處長﹚
- 支援組
- 審查貪污舉報諮詢委員會秘書處
- 舉報中心
- 扣留中心
- 國際及內地﹙行動﹚聯絡
- 追贓辦公室
- 行政及行動支援
- 法證會計
- 管理及法律研究
- 統計資料研究
- 核數及審查
- 資訊科技及電腦資料鑑證
- 香港國際廉政學院
- 支援組
- 內部調查
