廉政公署獨立運作，直接向行政長官負責，法例亦賦予廉署廣泛的調查權力。那麼，到底由誰去監察廉署呢？
其實現時有一套完善的監察與及制衡機制，於不同方面監察廉署的工作。
廉署直接向行政長官負責，廉政專員須定期向行政會議匯報重要的工作事項。另外，廉署每年均須向立法會提交年報，而廉政專員亦須出席立法會會議，解答有關廉署的政策及經費問題。
而就處理貪污案件方面，廉署只負責搜證、調查等工作，是否作出檢控則屬於律政司的決定。調查權跟檢控權分立，有助互相制衡。提出檢控之後，法庭就會作出公平審訊，去裁定疑犯是否有罪。另外，在司法監督下，廉署行使某些權力前，必須事先獲得法庭准許，確保權力不被濫用。
市民在監管廉署工作方面亦起了重大作用。於現行架構中，行政長官委任社會賢達及來自不同界別的人士，組成四個獨立於廉政公署的諮詢委員會，監察廉署的整體工作方針以及各方面工作。當中包括「貪污問題諮詢委員會」、「審查貪污舉報諮詢委員會」、「防止貪污諮詢委員會」及「社區關係市民諮詢委員會」。其中，但凡律政司決定不予檢控，或者未有足夠證據跟進的貪污投訴，均須通過負責監察廉署執行處工作的「審查貪污舉報諮詢委員會」，才能終止調查。當然，市民還可以透過大眾傳媒的監察，加強廉署對公眾的問責性及透明度。
作為一個專責維護公平公正的反貪機構，廉署又如何確保職員的品格及操守有最高水平呢？
除了嚴謹的聘任程序外，廉署亦設有內部監察小組（L組），專責調查涉及廉署人員的違紀行為和貪污指控，以及涉及廉署或其職員的非刑事投訴。至於有關廉政公署人員的所有貪污及相關刑事罪行的投訴，均須知會律政司司長，由他決定應否由廉署或其他執法機構調查。而獨立運作的「廉政公署事宜投訴委員會」，則專責監察所有涉及廉署工作常規及程序以及廉署人員的非刑事投訴。