房署证实圆洲角地盘两座楼宇的短桩情况非常严重后，于1999年12月23日向廉政公署举报，怀疑事件涉及贪污。约两星期后，在2000年1月6日亚太亦向廉署举报，同样报称工程涉及贪污。
为了尽快向公众交代事件，房委会准备在2000年1月9日举行记者会，宣布即时停止两座楼宇的上盖工程。可是一旦消息公诸于世，便会打草惊蛇，影响廉署的调查工作。故此，廉署接获房署转交的资料后，必须在短短十数日内掌握案情，以便在房委会公布消息之前采取行动，将涉案者一网打尽。
当时负责调查此案的廉政公署高级调查主任梁启荣(下称梁Sir) 忆述：「那时适逢圣诞节及新年的长假期，但大家都没有放假的心情，只想尽快完成审阅堆积如山的文件及档案，第一时间掌握案件的来龙去脉。」他继续说：「涉及短桩工程的案件搜证绝对不易，因为主要与案情有关的物件，包括违规的桩柱等都被『盖封』在地底里。」而圆洲角短桩案被揭发时，地基上已兴建三十多层的楼宇，搜证倍添困难。
调查人员面对另一项严峻的考验就是建筑工程涉及非常复杂的技术知识，例如：建造桩柱要经过什么工序、建造过程中的关键性细节等等。如果调查员未能及时一一了解这些窍门，如何能够揭穿那些瞒骗手法呢！
为加快调查进度，廉署调派了原本在防止贪污处工作的专业建筑工程师暂时「长驻」调查组，做其「活字典」，对建造桩柱等技术问题提供专业意见。另一方面，调查人员就要似「海绵」般尽快「吸料」，要在短短十多天内掌握建桩技术，例如什么是预钻、怎样挖掘桩井、扩底的技巧、清洗桩井及灌注混凝土的正确步骤等等。调查员唯有边查边学，全速与时间竞赛，希望在限期内有所突破。
在房委会举行记者会的前一天(2000年1月8日)，廉署开始拘捕行动，一连两天搜查全港多个地点，共派出80名调查人员，执行21张搜查令，拘捕8名人士，包括3名房署人员，他们分别是项目工程监督、助理工程监督及工程监工、2名会汉前董事及3名会汉职员(包括地盘代表、地盘管工及助理工程师)。他们涉嫌在圆洲角地盘的地基工程中贪污及串谋诈骗，使用短桩以节省建筑费用。
在行动中廉署搜获大量文件及证物，单是不合规格的「石屎芯」便装满4个货柜箱。
调查员跟着便要在短时间内会见所有嫌疑人及证人，彻底查阅搜获回来的文件、工程进度记录、测试记录等等。记录在表面上当然毫无破绽，调查员只能从字里行间寻找蛛丝马迹。