房署證實圓洲角地盤兩座樓宇的短樁情況非常嚴重後，於1999年12月23日向廉政公署舉報，懷疑事件涉及貪污。約兩星期後，在2000年1月6日亞太亦向廉署舉報，同樣報稱工程涉及貪污。
為了盡快向公眾交代事件，房委會準備在2000年1月9日舉行記者會，宣佈即時停止兩座樓宇的上蓋工程。可是一旦消息公諸於世，便會打草驚蛇，影響廉署的調查工作。故此，廉署接獲房署轉交的資料後，必須在短短十數日內掌握案情，以便在房委會公佈消息之前採取行動，將涉案者一網打盡。
當時負責調查此案的廉政公署高級調查主任梁啓榮 (下稱梁Sir) 憶述：「那時適逢聖誕節及新年的長假期，但大家都沒有放假的心情，只想盡快完成審閱堆積如山的文件及檔案，第一時間掌握案件的來龍去脈。」他繼續說：「涉及短樁工程的案件搜證絕對不易，因為主要與案情有關的物件，包括違規的樁柱等都被『蓋封』在地底裡。」而圓洲角短樁案被揭發時，地基上已興建三十多層的樓宇，搜證倍添困難。
調查人員面對另一項嚴峻的考驗就是建築工程涉及非常複雜的技術知識，例如：建造樁柱要經過甚麼工序、建造過程中的關鍵性細節等等。如果調查員未能及時一一瞭解這些竅門，如何能夠揭穿那些瞞騙手法呢！
為加快調查進度，廉署調派了原本在防止貪污處工作的專業建築工程師暫時「長駐」調查組，做其「活字典」，對建造樁柱等技術問題提供專業意見。另一方面，調查人員就要似「海綿」般盡快「吸料」，要在短短十多天內掌握建樁技術，例如甚麼是預鑽、怎樣挖掘樁井、擴底的技巧、清洗樁井及灌注混凝土的正確步驟等等。調查員唯有邊查邊學，全速與時間競賽，希望在限期內有所突破。
在房委會舉行記者會的前一天(2000年1月8日)，廉署開始拘捕行動，一連兩天搜查全港多個地點，共派出80名調查人員，執行21張搜查令，拘捕8名人士，包括3名房署人員，他們分別是項目工程監督、助理工程監督及工程監工、2名會漢前董事及3名會漢職員(包括地盤代表、地盤管工及助理工程師)。他們涉嫌在圓洲角地盤的地基工程中貪污及串謀詐騙，使用短樁以節省建築費用。
在行動中廉署搜獲大量文件及證物，單是不合規格的「石屎芯」便裝滿4個貨櫃箱。
調查員跟着便要在短時間內會見所有嫌疑人及證人，徹底查閱搜獲回來的文件、工程進度記錄、測試記錄等等。記錄在表面上當然毫無破綻，調查員只能從字裡行間尋找蛛絲馬跡。